La Cour européenne de justice devra trancher en dernier lieu. L’arrêt qu’elle a rendu portait sur la possibilité, ou non, de suspendre la décision de la Commission européenne d’autoriser la mise sur le marché du maïs transgénique produit par Norvatis (maïs-Bt). Greenpeace, la confédération paysanne et Eurocopa s’étaient en effet mobilisées pour contester la diffusion d’un produit non sûr. Un certain antibiotique (ampicilline) contenu dans cette variété de maïs n’avait pas fait l’objet d’études pour mesurer l’impact éventuel sur la santé. Aussi, la Cour européenne de justice a- t-elle pris un arrêt ambigü. D’un côté, elle affirme que l’Etat membre est tenu d’ «autoriser la mise sur le marché d’un OGM après que la Commission européenne eut adopté une décision favorable». Mais elle convient, par ailleurs, que «des éléments nouveaux montrant que l’OGM présente un risque pour la santé humaine et pour l’environnement permettent de stopper le processus de mise sur le marché, en l’attente d’une nouvelle décision de la Commission». Elle a également jugé que le Conseil d’Etat n’avait pas les compétences pour interpréter cet arrêt. Ce dernier a donc renvoyé la décision vers l’instance européenne.