Les services vétérinaires ont été dotés de plusieurs missions. Et le ministère de l’Agriculture et de la Pêche a fixé trois objectifs principaux : protéger la santé publique, protéger la santé animale et protéger l’environnement. Ces trois champs de compétences, complémentaires, doivent être mis en oeuvre sur le terrain par le biais de contrôles sanitaires. Ceux-ci visent à vérifier le respect de la réglementation en cours. C’est surtout le cas pour la vérification des règles de lutte contre les grandes maladies d’origine animale transmissibles à l’homme. Protéger la santé animale est aussi essentiel à cause des conséquences économiques. La protection de l’environnement porte sur les élevages et les industries agro-alimentaires (impact sur l’air, l’eau, la flore et la faune). Ils sont également chargés de mettre en oeuvre d’éventuelles actions correctives proposées par la DGAL et sur avis de l’AFSSA.
Les directions départementales et régionales des services vétérinaires sont coordonnées au niveau national par une direction centrale qui fait partie de la direction générale de l’alimentation (DGAL). Plus de 4000 agents participent ainsi à l’action des services vétérinaires. Chaque service vétérinaire départemental est appuyé par 9 contrôleurs généraux en fonction au niveau interrégional, véritables guides. L’action des vétérinaires-inspecteurs et des techniciens passe par la mise en place de plans de surveillance annuels et de contrôle de la contamination des